FPU oprócz rejestrów danych zawiera także rejestr kontrolny (16 bitów) i rejestr stanu (16 bitów).
W rejestrze stanu są 4 bity nazwane C0, C1, C2 i C3. To one wskazują wynik ostatniego porównania, a układ ich jest taki sam, jak flag procesora, co pozwala na ich szybkie przeniesienie do flag procesora.

Aby odczytać wynik porównania, należy przenieść rejestr flag z koprocesora do procesora:

fcom       ;  porównujemy
fstsw ax   ;  kopiujemy rejestr flag koprocesora do ax 
sahf       ;  AH zapisane do flag

Następnie możemy używać rozkazów skoków tak jak dla liczb całkowitych bez znaku: JE, JB itp.

• FCOM st(n)/[mem] -       porównaj st(0) z st(n) (lub zmienną w pamięci) bez zdejmowania st(0) ze stosu FPU
• FCOMP st(n)/[mem] -       porównaj st(0) z st(n) (lub zmienną w pamięci) i zdejmij st(0)
• FCOMPP -       porównaj st(0) z st(1) i zdejmij oba ze stosu
• FICOM [mem] -       porównaj st(0) ze zmienną całkowitą 16- lub 32-bitową w pamięci
• FICOMP [mem] -       porównaj st(0) ze zmienną całkowitą 16- lub 32-bitową w pamięci, zdejmij st(0)
• FCOMI st(0), st(n) -       porównaj st(0) z st(n) i ustaw flagi procesora, nie tylko FPU
• FCOMIP st(0), st(n) -       porównaj st(0) z st(n) i ustaw flagi procesora, nie tylko FPU, zdejmij st(0)

Komendy kończące się na I lub IP zapisują swój wynik bezpośrednio do flag procesora. Można tych flag od razu używać (JZ, JA, ...). Te komendy są dostępne od Pentium Pro.

FTST porównuje st(0) z zerem.